ウェブサイトのフロント部分をjsやjqueryを利用して作成する場合、基本的にそこまで大規模なコードになることもないので、関数と変数の列挙になることがほとんどです。

変数は必要がない限りは各関数内で定義してローカル変数として
他と干渉しないようにします。
関数ですが、実行方法にいくつかやり方があり状況によって
使い分けるといい気がします。

ベーシックなのはこうですね。
[javascript] function test(x) {
return x;
}
test();
[/javascript]

ただ、特に再利用する必要がない関数は、
匿名関数が便利です。

[javascript] (function () {
return x;
}());
[/javascript]

関数の戻り値を別の関数でまた利用したいときは
変数に戻り値を指定可能です。
[javascript] var test = (function () {
return "ddd";
}());
var test2 = (function () {
console.log(test);//ddd
}());
[/javascript]

小規模な開発で関数の値を順繰りに改変していくだけであれば、
上記のやり方が便利ですね。